В 1640 году на берегу Москва-реки, на месте деревянного храма было начато строительство каменного храма во имя Воздвижения Креста Господня. Он строился 18 лет. В 1658 году был освящен главный престол. В 1701 году каменный храм был перестроен стольником Василием Шереметевым. В 1708 году с северной стороны появилась новопоставленная придельная церковь с отдельной главкой и крестом - во имя иконы Божией Матери "Всех скорбящих Радосте".
С годами менялся архитектурный облик храма. Между 1761 и 1782 годом он был почти полностью перестроен. Увеличен алтарь, трапезная, придел во имя иконы Божией Матери.
После нашествия французской армии и пожара храм был снова освящен в 1813 году. В 1846 году на средства, завещанные купцом Г.И.Блохиным и на пожертвования фабриканта Ганешина к храму с западной стороны была пристроена невысокая колокольня со шпилем, а в трапезной устроен второй придел - во имя архангела Гавриила. Освящение постройки состоялось 8 сентября 1852 года. В 1887 году ктитор храма, купец 2-й гильдии Иван Иванович Виноградов построил упорную каменную стенку для поддержания насыпи, на которой находится храм.
В 1894 году по проекту архитектора Ф.Н.Кольбе храм вновь расширили: северный и южный приделы были построены вновь по обе стороны от главного алтаря. Их освятили 24 октября 1895 года. В таком виде храм сохранился до наших дней.
Название храма тесно связано с нашей историей. Середина XVII века -это время, когда по душам православных прошел зловещей трещиной раскол. Наши предки испытывали глубокое чувство горечи от смуты в Церкви, памятуя о недавней смуте в государстве, вследствие которой Россия чуть было не потеряла своей независимости. Крест являлся государственным символом Византийской империи, а оттуда перешел в качестве такового в Москву, "Третий Рим". Именно в праздник Воздвижения Креста Господня (27 сентября по новому стилю) православные просили в своих молитвах о даровании побед в битвах с иноверными и сохранении в сени Креста своего государства и народа.
Большинство прихожан храма на тогдашней окраине города были дворовыми людьми, ремесленниками, солдатами. Однако принадлежали к приходу и представители знаменитых дворянских фамилий Мусиных-Пушкиных, Шереметьевых, Долгоруких, верно служивших России на военном и государственном поприщах. Так в 1740 году Платона Ивановича Мусина-Пушкина за попытку покончить с "бироновщиной" - антиправославным, гибельным режимом - лишили чинов и графского достоинства, вырезали язык и сослали в Соловецкий монастырь. Один из его потомков, Алексей Иванович Мусин-Пушкин, известный археолог и член Российской Академии, обессмертил свое имя тем, что открыл "Слово о полку Игореве".
Прихожанином храма до последних дней своей жизни был известный поэт князь Иван Михайлович Долгоруков, друг Василия Львовича Пушкина. Несмотря на распространявшееся в российском дворянстве вольнодумство вольтерианского толка, он оставался православным человеком, начинавшим каждый день молитвой и чтением Священного Писания. Не случайно именно ему, ревнителю славы Российской, губернатору во Владимире, удалось обнаружить могилу освободителя Москвы князя Дмитрия Михaйловича Пожарского...
История храма связана с именем такого духовного светоча как митрополит Московский Филарет (Дроздов). Наконец, в начале XX столетия, 25 мая 1901 года, здесь венчался великий русский писатель А.П.Чехов, мучительно искавший пути воссоединения российского интеллигента с Богом.
Ослабление веры, отступление от Православия привели нашу страну к катастрофам революции и гражданской войны, духовному обнищанию. По рассказам прихожан тех лет, уже в 1918 году произошло первое ограбление храма, ставшего к тому времени стараниями купечества одним из богатейших в Москве. Безбожные власти вывезли из древнего храма более 400 пудов серебряной утвари. Но, несмотря на усилия властей, церковь продолжала свое служение. В 20-е годы в храме неоднократно совершал Божественную Литургию сам Патриарх Тихон. Служил здесь и митрополит Серафим (Чичагов), много сделавший для прославления преподобного Серафима Саровского. Владыка Серафим был расстрелян в декабре 1937 года на Бутовском полигоне.
В 1930 году храм закрыли, настоятель протоиерей Николай Сарыевский был сослан. Купол и колокольню сломали, снесли богадельню и дом причта, а в помещении храма сделали общежитие. Настенная роспись была закрашена, а когда она начинала проступать сквозь побелку, ее сбивали. Но 70 процентов росписи уцелело.
И все-таки храм ожил. Восьмого апреля 1992 года у ограды храма был отслужен первый за последние шестьдесят с лишним лет молебен, организованный вновь созданной православной общиной. С 5-го ноября того же года в южном приделе храма всенощные бдения стали совершаться регулярно. А 7 сентября 1993 года был освящен престол в честь архангела Гавриила и была отслужена Божественная Литургия. Стараниями членов общины и прихожан началось восстановление поруганной святыни. К концу 2000 года храм вновь принял прежний архитектурный облик. В настоящее время продолжается восстановление интерьеров храма, воссоздаются иконостасы, написаны новые иконы. В храме совершаются все требы, работает изостудия для детей прихожан, проводится лекторий по истории Русской Православной Церкви.
Община сердечно благодарит всех, кто хоть однажды внес посильную жертву на восстановление Божьего храма.